Thế giới được chia làm 2 phe, một phe là LIÊN MINH THỢ SĂN ( Alliance hunter ) và một phe HOÀNG GIA ( Royal ), Phe Maverick Hunter dường như đã bị truy và giết sạch, chỉ còn sót lại vài người...và X không ngoại lệ.

X trong một lần trinh sát ( thời điểm này vô cung nguy hiểm cho Maverick Hunter nên ta gọi là trinh sát, tức có nghĩa là thám sát tình hình bên ngoài ) đã bị một người máy phe HOÀNG GIA truy đuổi và giết. - Yên tâm đi, X là nhân vật chính, không dễ chết đâu -

Axl thì trong một lần trinh sát đột dưng biến mất.

Zero vẫn bên cạnh Alia để tiếp tục công việc.

 NHỮNG THỨ MỚI:

- Royal: được thành lập để tạo ra một thế giới có trật tự mới, những người máy thế hệ cũ được trị bởi những người máy thế hệ mới

- Aliance Hunter: Một liên đoàn được lập ra bởi những người máy thế hệ cũ vs mới với mục đích  lật đổ đế chế hoàng gia, đòi lại công bằng cho mọi người máy

- Người máy thế hệ mới: Được tạo ra đầu tiên  bởi một tiến sĩ ẩn danh, sự dụng chip để làm bộ não, được trang bị vũ khí tối tân.

- Velve: Một người máy thế hệ mới, được thiết kệ dựa theo khung xương của Zero, hắn ta thuộc về phe Royal nhưng đã bị Aliance Hunter bắt để tra khảo....

- Zero: Người máy thế hệ cũ thuộc phe Maverick Hunter sử dụng Lazer saber làm vũ khí. 
Được nâng cấp khác hẳn bản X8 và các bản khác.

- X: